作业帮鸟枪法如何测序?越通俗越好
来源：学生作业帮助网 编辑：作业帮 时间：2024/04/26 12:04:38
鸟枪法如何测序?越通俗越好
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鸟枪法如何测序?越通俗越好
北京三博远志鸟枪法Shotgun测序介绍：
全基因组鸟枪法测序（Whole Genome Shotgun Sequencing）无需构建各类复杂的物理图谱和遗传图谱,采用最经济有效基因组鸟枪法测序/鸟枪法Shotgun测序（Whole Genome Shotgun Sequencing）无需构建各类复杂的物理图谱和遗传图谱,采用最经济有效的实验设计方案,直接将整个基因组打成不同大小的DNA片段构建Shotgun文库,对文库进行随机测序,最后运用生物信息学方法将测序片段拼接成全基因组序列.
全基因组鸟枪法测序的主要步骤是：第一,建立高度随机、插入片段大小为1.6kb到4kb左右的基因组文库.克隆数要达到一定数量,即经过两端测序的克隆片段的碱基总数应达到基因组大小的6到10倍.第二,高效、大规模的克隆双向测序.第三,序列组装.借助Phred,Phrap,Consed 软件进行序列组装,产生一定数量的contig.第四,填补缺口.有两种待填补的缺口,一是没有相应模板DNA的物理缺口,我们通过PCR的方法进行填补；二是有模板DNA但未测到的序列缺口,我们直接在模板DNA上设计引物测序.
鸟枪法测序适用范围：BAC、Fosmid、cosmid、线粒体DNA、叶绿体DNA等.
全基因组鸟枪法测序的主要步骤是：第一,建立高度随机、插入片段大小为1.6kb到4kb左右的基因组文库.克隆数要达到一定数量,即经过两端测序的克隆片段的碱基总数应达到基因组大小的6到10倍.第二,高效、大规模的克隆双向测序.第三,序列组装.借助Phred,Phrap,Consed 软件进行序列组装,产生一定数量的contig.第四,填补缺口.有两种待填补的缺口,一是没有相应模板DNA的物理缺口,通过PCR的方法进行填补；二是有模板DNA但未测到的序列缺口,直接在模板DNA上设计引物测序.