16SrDNA测序后在ncbi上比对细菌鉴定,16SrDNApcr扩增测序之后用blast比对,出来一个相似度99%的菌种,怎样体现数据库也是用16SrDNA序列跟我做的序列匹配的呢?换句话说,我想知道这99%相似度是不是我
16SrDNA测序后在ncbi上比对细菌鉴定,16SrDNApcr扩增测序之后用blast比对,出来一个相似度99%的菌种,怎样体现数据库也是用16SrDNA序列跟我做的序列匹配的呢?换句话说,我想知道这99%相似度是不是我
16SrDNA测序后在ncbi上比对
细菌鉴定,16SrDNApcr扩增测序之后用blast比对,出来一个相似度99%的菌种,怎样体现数据库也是用16SrDNA序列跟我做的序列匹配的呢?
换句话说,我想知道这99%相似度是不是我做的的16SrDNA跟数据库的16srdna比对的结果
16SrDNA测序后在ncbi上比对细菌鉴定,16SrDNApcr扩增测序之后用blast比对,出来一个相似度99%的菌种,怎样体现数据库也是用16SrDNA序列跟我做的序列匹配的呢?换句话说,我想知道这99%相似度是不是我
是的.
99%就基本可以认为是同一种菌.
不过我问一下你是不是做了TA克隆获得了16srDNA全长序列.
你之前也问过这个问题,我跟你说了不是直接上NCBI上比对的,NCBI上的序列是人人都可以上传的,你比对出来和某个序列99%相似,可能这条最相似的序列并没有被正式承认,也就是没有被正式学术资格的.你可以打开NCBI序列的详细信息,里面有标示是否unpublished,标有unpublished就说明是没有被认可的,这种对比结果你是不能采用的,因为对比的对象都是不可信的.
比如我今天做了一个菌,发现和大肠杆菌的最相似,相似度是97%,然后我上传了这个序列,名称当然只能写大肠杆菌,但是到底是不是还有待鉴定,然后明天你也做了同一种菌,然后对比,发现和我的相似度是99%,那你说你做的菌也大肠杆菌?显然是没有道理的.
你可以用NCBI比对,但是你必须要看序列是不是unpublished的
所以有韩国人为了方便就自己建立了一个二级数据库,剔除了NCBI中unpublished的序列,你搜索Eztaxon就能搜到.