16SrDNA测序后在ncbi上比对细菌鉴定,16SrDNApcr扩增测序之后用blast比对,出来一个相似度99%的菌种,怎样体现数据库也是用16SrDNA序列跟我做的序列匹配的呢?换句话说,我想知道这99%相似度是不是我

来源:学生作业帮助网 编辑:作业帮 时间:2024/11/01 06:57:46

16SrDNA测序后在ncbi上比对细菌鉴定,16SrDNApcr扩增测序之后用blast比对,出来一个相似度99%的菌种,怎样体现数据库也是用16SrDNA序列跟我做的序列匹配的呢?换句话说,我想知道这99%相似度是不是我
16SrDNA测序后在ncbi上比对
细菌鉴定,16SrDNApcr扩增测序之后用blast比对,出来一个相似度99%的菌种,怎样体现数据库也是用16SrDNA序列跟我做的序列匹配的呢?
换句话说,我想知道这99%相似度是不是我做的的16SrDNA跟数据库的16srdna比对的结果

16SrDNA测序后在ncbi上比对细菌鉴定,16SrDNApcr扩增测序之后用blast比对,出来一个相似度99%的菌种,怎样体现数据库也是用16SrDNA序列跟我做的序列匹配的呢?换句话说,我想知道这99%相似度是不是我
是的.
99%就基本可以认为是同一种菌.
不过我问一下你是不是做了TA克隆获得了16srDNA全长序列.
你之前也问过这个问题,我跟你说了不是直接上NCBI上比对的,NCBI上的序列是人人都可以上传的,你比对出来和某个序列99%相似,可能这条最相似的序列并没有被正式承认,也就是没有被正式学术资格的.你可以打开NCBI序列的详细信息,里面有标示是否unpublished,标有unpublished就说明是没有被认可的,这种对比结果你是不能采用的,因为对比的对象都是不可信的.
比如我今天做了一个菌,发现和大肠杆菌的最相似,相似度是97%,然后我上传了这个序列,名称当然只能写大肠杆菌,但是到底是不是还有待鉴定,然后明天你也做了同一种菌,然后对比,发现和我的相似度是99%,那你说你做的菌也大肠杆菌?显然是没有道理的.
你可以用NCBI比对,但是你必须要看序列是不是unpublished的
所以有韩国人为了方便就自己建立了一个二级数据库,剔除了NCBI中unpublished的序列,你搜索Eztaxon就能搜到.

16SrDNA测序后在ncbi上比对细菌鉴定,16SrDNApcr扩增测序之后用blast比对,出来一个相似度99%的菌种,怎样体现数据库也是用16SrDNA序列跟我做的序列匹配的呢?换句话说,我想知道这99%相似度是不是我 16SrDNA与16SrRNA的区别在NCBI上找一细菌的16SrDNA序列,用来做同源性分析,查到的都是16SrRNA序列信息,该怎么操作啊?请教在NCBI上同源性分析的具体步骤,着急, 细菌16S rDNA 序列比对,菌种鉴定中,已测出待定菌种的16SrDNA序列.那么:1、在NCBI上比对时,有三个属的多个已知菌种与新菌匹配率都95%以上,值最高的那个属其实真的在预料之外,而且文献中也没 关于DNA序列在NCBI上比对的问题1.我做细菌鉴定,把16srDNA PCR后拿出去测序,得到了两条序列,一条正的,一条反的,在比对以前是要把它整合成一条链吗?怎样整合?2.请大概说一下,我想知道是什么菌, 关于已知DNA序列在NCBI上比对并鉴定菌种1.我做细菌鉴定,把16srDNA PCR后拿出去双向测序,得到了两条序列,一条正的,一条反的,在比对以前是要把它整合成一条链吗?怎样整合?如何鉴定.两条链如下 怎么在NCBI上比对其他基因? 请问细菌16SRDNA 测序,测出来的序列里面找不到引物,序列还可靠吗?我做了细菌16SRDNA 测序,但是测序后拼接引物后找不到引物,测出来的序列是对的吗 细菌现在已经16SrDNA鉴定到了属,其中有几个的比对的同源性100%.其他的我需要鉴定到种怎么办?呵呵 细菌16srDNA 单向测和测通对结果有影响吗,为什么? 16SrDNA怎样转化成16SrRNA我的序列是16srdna的,ncbi上都是16srrna,需要转换过来吗?可以直接拿来就blast么 动物dna序列为什么在ncbi上比对完和植物的该基因相似 如何进行BLAST比对?急救啊,朋友!本人是新手,获得了未知菌的16Srdna序列后,进入http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/中进行比对,页面中有BLAST Assembled Genomes和Basic BLAST之分,请教我该进入哪里,我不知道该把 在NCBI氨基酸序列比对中,specific/nonspecific 细菌的PCR扩增为什么要使用细菌基因的16SrDNA通用引物? 我跟在生化老师后面做实验,现在写论文,要做个发育树.已经测定出来了某细菌的序列,怎么在NCBI上比对,再进一步构建发育树?我是大二的学生,所以麻烦高手把步骤介绍的详细点,FASTA格式是以TX ncbi上的blast序列比对工具怎么使用,求具体操作指南. 我把在NCBI上比对结果为99%的序列,拿来和我的序列再用DNAMAN比对一下,发现相似度只有30%了,为什么呢?我有一段序列,在NCBI上比对之后,找到一段相似度99%的序列,然后手动将这两段序列用DNAMAN比 NCBI选择数据库我的测序结果在NCBI上比对后,Database选择Nucleotide collection(nr/nt)数据库时,相似度达到100%的有好几十种.选择NCBI genomes(chromosome)时,相似度100%的就只有几种.是什么原因,这两种数据